トランプのフリーセルは無料ゲームだとルールが変わるのでしょうか。

もちろん変わりません。

実物のトランプカードを使ったフリーセルであろうと、無料のウェブゲームであろうと、ルールは同じ。

どちらかというと、ウェブゲームのほうが無意識のルール違反をやらかさずに済むので より厳密・厳正なプレイが可能ですね。

実物のトランプカードだと、どうしても「うっかりミス」でルール違反をしてしまうかもしれませんし、気づきにくい。

だからウェブゲームのほうがオススメです。